①伞菌类 顾名思义，伞菌是具有伞状子实体的那些种类，这些伞状的子实体明显分化出菌盖和菌柄两大形态结构，且菌盖的下方生有刀片状的菌褶，菌褶的两侧生有它们的“种子”——担孢子。大多数常见的食用菌为伞菌类，如双孢菇、香菇、金针菇、滑菇等，伞菌多为肉质。
②多孔菌类 多孔菌类的子实体形态多样，有伞状、扇形、块状等多种形状，质地有肉质、半纤维质和木柱质等，但是，它们形态学上的共同特点是：在菌盖下方都有管孔状的繁殖结构。如肉质伞状的牛肝菌、鸡油菌，木柱质扇形的灵芝，肉质块状的猴头和齿菌。
③胶质菌类 胶质菌类的子实体多耳状或叶状，有的呈脑状，质地上多为胶质，如木耳、毛木耳、银耳、金耳、榆耳、血耳等。它们的繁殖体——担孢子，都着生于子实体的表层内，有的生于耳片的一侧，有的则生于两侧。
④子囊菌类 除上述形态学上的几大类群外，尚有一些种类，很难划分形态类群，这些多是人工尚未栽培的种类，如钟形菌盖表面凹凸不平的酷似羊肚的羊肚菌，菌盖酷似马鞍形的马鞍菌，还有不规则块状的块菌。这些菌从分类地位上都距上述三大类群较远，属于子囊菌亚门。
